La historia se centra en la vida de un estudiante de primer año que acaba de empezar una nueva vida en la Escuela Universitaria de Literatura de Tama. Mientras que él creció con su hermana, se fue y vivió por su cuenta cuando ella se casó, con un hombre que tenía dos hijas de un matrimonio anterior. Él trató de distanciarse de esa familia y esa fue la razón por la que se traslado a vivir por su cuenta. Alrededor de 3 años más tarde le dijeron que visitara a su hermana y que cuide a las tres niñas, sin embargo esto cambiaría su situación, cuando el avión donde viajaba su hermana y su esposo sufrio un incidente y ahora estan desaparecidos. Ahora tiene que vivir con las tres hijas de su hermana, con lo que dos (de un matrimonio anterior) no están emparentados: una tsundere (14 años), una pequeña demonio (10 años) y una niña pequeña (3 años), en una pequeña habitación.

Este mundo se compone de dos dimensiones unidas como una sola, justo como un espejo. El primero es el mundo en el que los humanos viven, Assiah. El otro es el mundo de los demonios, Gehenna (infierno). Por lo general, los viajes entre ambos, y de hecho cualquier tipo de contacto entre los dos, es imposible. Sin embargo, los demonios pueden pasar a este mundo por poseer cualquier cosa que exista dentro de este. Satanás es el dios de los demonios, pero hay una cosa que no tiene, y eso es una sustancia en el mundo humano que sea lo suficientemente podeerosa para contenerle a él. Con este fin creó a Rin, su hijo de una mujer humana, pero debera su hijo estar deacuerdo con sus planes O se convertirá en algo más ... Un exorcista.

Se centra alrededor de la Orden de Caballeros Protestantes Reales, que son los últimos miembros descendientes de Abraham Van Hellsing. Su misión es la de proteger a la reina y las fronteras del país de toda amenaza sobrenatural. La organización está liderada por Sir Integra Fairbrook Wingates Hellsing, que heredó su responsabilidad como directora después de la muerte de su padre, cuando tenía 12 años. Bajo su mandato están Walter C. Dornez, y Alucard, un poderoso vampiro que fue capturado por la familia hace cien años. Más tarde se une también la ex-policía Seras Victoria, que tras ser mordida por Alucard se convierte en soldado de Hellsing.

Después de un ataque sobre la oficina central de Hellsing por parte de los hermanos Valentine, donde las tropas son totalmente masacradas, Sir Integra contrata al grupo de mercenarios Wild Geese para sustituir a los hombres perdidos en la batalla. El líder del grupo es el capitán Pip Bernadotte, un francés mujeriego. Durante la serie los personajes cometen todo tipo de atrocidades, como violación, mutilación, tortura o canibalismo.

Eita Kidou tiene una meta muy clara: ingresar en la Universidad Nacional de Medicina. Para ello necesita mejorar sus calificaciones durante la preparatoria, así que rechaza cualquier cosa que no tenga que ver con estudiar, incluidos sus antiguos delirios de grandeza y cualquier aspiración al romance y al amor. Su apacible rutina diaria se verá trastocada cuando aparezca en su vida la bella y superpopular Masuzu Natsukawa, una estudiante recién llegada harta de soportar confesiones desde que regresó a Japón, y que encontrará la forma de obligarlo a ser su "novio falso". La impostura resultará tan polémica como cabria esperar, y lo suficientemente real como para que otras chicas, empezando por la amiga de la infancia de Eita, Chiwa Harusaki, no estén dispuestas a consentirla sin presentar batalla.

Una chica con una enfermedad terminal, llamada Himari Takakura, es salvada de la muerte por un extraño espíritu que reside en un sombrero con forma de pingüino. Sin embargo, a cambio de extender su vida, el espíritu encomienda a sus hermanos, Kanba y Shouma, a buscar un objeto conocido como el Penguin Drum, con ayuda de un trío de extraños pingüinos.

La historia de Steins;Gate comienza el 28 de julio de 2010, en Akihabara, con Rintarō Okabe y Shiina Mayuri en dirección al edificio de Radio Kaikan. Dentro del edificio, Rintarō encuentra el cuerpo de Kurisu Makise con un charco de sangre en una habitación. Se va del edificio con Mayuri en estado de pánico y envía un mensaje de texto a Hashida Itaru sobre el incidente, entonces toda la gente alrededor de él de repente se desvanece. Reaparecen momentos más tarde, pero nadie a su alrededor parece haber experimentado el mismo fenómeno que el sintió.

Más tarde Rintarō y Hashida Itaru van al edificio de Radio Kaikan. Rintarō explica lo que ha pasado a Hashida y luego, menciona que recibió un mensaje de texto similar a lo descrito Rintarō hace una semana. En ese momento se dan cuenta de que su horno de microondas puede enviar mensajes de texto al pasado, y nombran a estos mensajes «D-mail» (D メール D meru?). Los personajes más tarde descubren que SERN, una organización que ha estado investigando el viaje en el tiempo desde hace algún tiempo, en realidad ha tenido éxito en el envío de seres humanos en el pasado a pesar de que parece que han dado como resultado la muerte de los sujetos de prueba. Después Kurisu mejora el microondas con la posibilidad de enviar recuerdos en el tiempo, permitiendo una efectiva forma para viajar atrás en el tiempo.

Diez años han pasado desde El Gran Terremoto de Tokio, un desastre natural que hundió más del 70% de Tokio en el océano. Ganta Igarashi es un estudiante de escuela secundaria de 14 años en la Prefectura Nagano. Ganta es un superviviente del terremoto, pero él no tiene ninguna memoria sobre el desastre y simplemente desea jugar al fútbol y vivir una vida normal. Todo cambió un día cuando un hombre misterioso cubierto en sangre aparece fuera de su ventana del aula. «El Hombre Rojo» mata a los compañeros de clase de Ganta, pero extrañamente lo deja vivir después de incrustar un cristal carmesí en su pecho. La vida de Ganta va de mal en peor cuando él es culpado por los espantosos asesinatos y condenado a muerte en Deadman Wonderland.