La historia se centra en la vida de un estudiante de primer año que acaba de empezar una nueva vida en la Escuela Universitaria de Literatura de Tama. Mientras que él creció con su hermana, se fue y vivió por su cuenta cuando ella se casó, con un hombre que tenía dos hijas de un matrimonio anterior. Él trató de distanciarse de esa familia y esa fue la razón por la que se traslado a vivir por su cuenta. Alrededor de 3 años más tarde le dijeron que visitara a su hermana y que cuide a las tres niñas, sin embargo esto cambiaría su situación, cuando el avión donde viajaba su hermana y su esposo sufrio un incidente y ahora estan desaparecidos. Ahora tiene que vivir con las tres hijas de su hermana, con lo que dos (de un matrimonio anterior) no están emparentados: una tsundere (14 años), una pequeña demonio (10 años) y una niña pequeña (3 años), en una pequeña habitación.

Durante la Golden Week, Tsubasa Hanekawa, una chica de 17 años, ha tenido una experiencia sobrenatural, un encuentro con Nekomata, la tranquilidad que aparenta la representante de la clase, es un contraste de lo que ocurre con la relación actual con su familia, los hechos ocurridos la cual la llevan a enredarse con este ser sobrenatural, Koyomi Araragi se verá envuelto en estos hechos, los cuales con la ayuda de Oshino Meme, y la intervención de Oshino Shinobu, intentaran librar a la representante de la clase de ese ser la cual la ha poseído.

Después de los sucesos ocurridos en Bakemonogatari, para todos llega una época de cambio, sin embargo, eso no implica que las excentricidades dejen de hacer lo suyo. Karen y Tsukihi Araragi, las hermanas de Koyomi, serán quienes se vean involucradas esta vez con extrañas criaturas. Karen será envenenada por una "abeja", mientras que Tsukihi se verá en peligro debido a que es la reencarnación de un fénix. En esta ocasión, varios especialistas en excentricidades se acercarán a ellas para intentar hacerles daño y Araragi y Shinobu deberán protegerlas a toda costa.

La historia sucede en el año 2036, donde tras un accidente nuclear, el gobierno japonés se verá obligado a trasladar su capital y evacuar Tokio. Sin embargo, a pesar de los esfuerzos, más del 90% de los ciudadanos de Tokio mueren debido a la exposición a la radiación, convirtiéndose en una ciudad fantasma. Dos décadas más tarde, una repentina señal de radio llevará a la implementación de la "Coppelion", una unidad de fuerzas especiales dentro de la Fuerza de Autodefensa. Compuesto por tres chicas de secundaria, Fukusaku Aoi, Naruse Ibara y Nomura Taeko, quienes fueran modificadas genéticamente para resistir a la radiación, serán enviadas a la ciudad para encontrar y rescatar a los sobrevivientes. En medio de una ciudad reclamada por la naturaleza y lleno de nada más que los restos del pasado, las chicas se iniciaran la búsqueda de personas que no deberían existir, a la vez que intentaran desentrañar los misterios de una tierra abandonada hace tiempo por la humanidad.

Una chica con una enfermedad terminal, llamada Himari Takakura, es salvada de la muerte por un extraño espíritu que reside en un sombrero con forma de pingüino. Sin embargo, a cambio de extender su vida, el espíritu encomienda a sus hermanos, Kanba y Shouma, a buscar un objeto conocido como el Penguin Drum, con ayuda de un trío de extraños pingüinos.

La historia trata sobre una academia llamada Ousai, que antes solía ser solo para señoritas pero que recientemente comenzó a aceptar estudiantes de ambos sexos. Sin embargo los varones en esa escuela son solo 28 mientras que hay 524 mujeres. Takatoshi Tsuda es un estudiante que es empujado a convertirse en el vice presidente del consejo de alumnos, en el cual él es el único hombre.

Tercera temporada de este anime, donde el argumento se basa en Ashirogi Muto siguiendo su sueño de tener un anime para que Saiko se case con Azuki. Esta temporada es marcada por el regreso de Akira Hattori como editor del duo, ademas de la competicion que tienen con Eiji Niizuma para convertirse en los mejores de la Shounen Jack.

Segunda temporada de Bakuman, el argumento se centra en Ashirogi Muto serializando su manga que presentaron a la Shounen Jack. Akira Hattori deja de ser su editor y toma su lugar Miura Goro, con el que tienen muchos problemas ya que se le emocionan los mangas de humor que claramente no son el fuerte de Ashirogi Muto. Aqui se ve que la amistad de Saiko y Shuujin es fuerte y pueden lograr lo que sea trabajando juntos.

Moritaka Mashiro es un estudiante de secundaria que no termina de encajar bien en nada, excepto en el dibujo. Un día, Akito Takagi coge prestada la libreta de dibujo de Mashiro, ve todos esos impresionantes dibujos y le propone ser Mangaka. Pese que en la época actual ser Mangaka es difícil y pocos llegan a lograrlo, deciden intentarlo. Le piden a Azuki (la chica a la que le gusta Mashiro) que si algún día lo logran, ella doblaría la versión Anime del mismo. Así comienza la historia de cómo intentarán hacer el manga.

La historia está protagonizada por Kanade Amakusa, un muchacho maldito con un poder llamado “Elección Absoluta”. De repente aparece en su mente un cuestionario con dos opciones, debiendo escoger una y haciéndose realidad por ridícula que esta sea. Por ejemplo, le puede tocar escoger entre ir desnudo de cintura para abajo o desnudo de cintura para arriba a clase. 

En una ocasión llega a clase, le toca escoger nuevamente ente: "una preciosa chica cae ante él o es él el que se cae desde la azotea vestido de mujer". Evidentemente escoge la primera opción, y así una chica rubia llamada Chocolat cae ante él.