El mundo ha sido expuesto ante una enfermedad que convierte a las personas en Zombies. Takashi Komuro es un estudiante de secundaria, que se da cuenta que algo no anda bien, al ver como una persona entra al instituto y empieza a morder a un grupo de profesores, toma la iniciativa de advertir a Rei Miyamoto (amiga de la infancia y por la cual tiene sentimientos por ella) y decide huir del instituto con ella, pero cuando tratan de hacerlo se dan cuenta de que gran parte de las personas dentro del instituto habían sido mordidas y contagiados con la enfermedad.Takashi y Rei se las ingenian para pelear con los zombies y permanecer seguros. Por otro lado se encuentran Saya Takagi y Kohta Hirano y una excelente estudiante y un gordo amantes de las armas, pero son esas cualidades los que los une y los mantienen con vida, Saeko Bisujima fuerte estudiante y espadachín que con sus conocimientos en Kendo logra poder combatir con los zombies, por ultimo la enfermera Alice Maserato logran juntarse con Takashi y Rei y deciden unirse para salir del instituto e ir por sus padres mientras se las arreglan en las calles de Japón matando zombies y evitando ser mordidos por ellos.

Ryota Sakamoto es un joven desempleado de 22 años de edad que vive con su madre. En el mundo real, puede no haber nada realmente especial acerca de él, pero en línea, es uno de los mejores jugadores del mundo del juego de combate llamado Btooom!. Un día, se despierta en lo que parece ser una isla tropical, aunque él no recuerda nada de cómo o por qué ha llegado a estar allí. Mientras que vaga por ahí, Ryōta ve a alguien y pide ayuda. El extraño responde lanzandole una bomba, en ese momento se da cuenta que su vida está en peligro y que de alguna manera ha quedado atrapado en una versión real de su juego favorito; podrá Ryōta ser capaz de sobrevivir el tiempo suficiente para averiguar cómo y por qué terminó aquí?

Un día, el estudiante Akihito Kanbara descubre a una de sus compañeras, Mirai Kuriyama, a punto de cometer suicidio saltando desde la azotea de la escuela. Después de que Akihito intente convencerla, Mirai le apuñala con una espada hecha de su propia sangre, pero se sorprende al comprobar que Akihito no es sino un híbrido de humano y "yōmu", una raza de criaturas sobrenaturales. Tras saber que Mirai es una Guerrera del Mundo Espiritual y la última superviviente de su clan, las vidas de ambos se entrelazan para siempre.