El rey demonio llamado Sadao está a un paso de conquistar su mundo alternativo cuando se transporta al Tokyo de nuestro mundo. Él termina trabajando a tiempo parcial en un restaurante de comida rápida a fin de mes. Con el fin de conquistar Japón, tiene que dar el primer paso y pasar de un empleado temporal a un empleado completo. Mientras tanto, la heroína Emilia llegó a Japón también, en persecución de Sadao.

Itsuka Shidou es un estudiante de instituto que, durante las vacaciones, vive en primera persona un suceso sin igual. Ante él aparece una chica con armadura, que destruye la ciudad que tiene delante. La chica responde ante el nombre de Tohka, y según la hermana de Shidou, es un espíritu (“seirei”), los cuales causaron un terremoto espacio-temporal 30 años atrás. La hermana de Shidou revela que su verdadera identidad es la de la líder de la organización Ratatosk y le cuenta a Shidou que la única manera que tienen de salvar el mundo es hacer que Tohka se acabe enamorando de él y tengan una cita.

Corre el año 2012, y Desmond Miles, un camarero solitario con una vida tranquila, es secuestrado por una empresa farmaceútica llamada Abstergo. El motivo de su secuestro es complejo: pretenden hacer que Desmond (Sujeto 17) reviva las memorias de uno de sus ancestros, Altaïr Ibn La-Ahad, un hombre que vivió en la época de las cruzadas, y que además, era un Asesino, mediante una máquina llamada "Animus", que hace que el usuario reviva los recuerdos de sus antepasados mediante la memoria genética almacenada en el ADN de la persona. Desmond, confuso y desorientado, accede a regañadientes revivir las memorias de sus antepasados, por el miedo a que le induzcan un coma, como le explicó momentos antes Warren Vidic, el responsable de su estado. Desmond entonces se dispuso a revivir las memorias de su antepasado...