Tras una serie de incidentes ocurridos los días 14 y 15 de agosto, un grupo de chicos y chicas, cada uno con su propio poder único, acaba reunido. Los miembros se hacen llamar el "Mekakushi Dan" (La organización de la venda en los ojos). Su objetivo es resolver los misterios tras varios incidentes para descubrir la verdad.

Ryota Sakamoto es un joven desempleado de 22 años de edad que vive con su madre. En el mundo real, puede no haber nada realmente especial acerca de él, pero en línea, es uno de los mejores jugadores del mundo del juego de combate llamado Btooom!. Un día, se despierta en lo que parece ser una isla tropical, aunque él no recuerda nada de cómo o por qué ha llegado a estar allí. Mientras que vaga por ahí, Ryōta ve a alguien y pide ayuda. El extraño responde lanzandole una bomba, en ese momento se da cuenta que su vida está en peligro y que de alguna manera ha quedado atrapado en una versión real de su juego favorito; podrá Ryōta ser capaz de sobrevivir el tiempo suficiente para averiguar cómo y por qué terminó aquí?

En el año 2022, el videojuego virtual de rol multijugador masivo en línea (VRMMORPG) Sword Art Online (SAO) es puesto en venta. Con el Nerve Gear, un casco de realidad virtual que estimula los cinco sentidos del usuario a través de su cerebro, los jugadores pueden experimentar y controlar a sus personajes dentro del juego con sus mentes. Pero un acontecimiento inesperado se produce el 06 de Noviembre de 2022 (primer día de inicio del servidor) cuando Akihiko Kayaba, el creador de SAO, impide a los jugadores hacer log out (cerrar sesión). Akihiko les propone un reto, si quieren ser libres y salir del juego, deben llegar al piso 100 de la torre del juego y derrotar al jefe final. Sin embargo, si sus avatares mueren en el juego, también lo harán sus cuerpos en el mundo real. Kirito, es un "BetaTester" un jugador experto que probá la versión beta del juego, está¡ decidido a llegar al piso 100 y alcanzar la libertad. Ahora tendrá que pasar cada nivel o cada piso sin morir.