Tras una serie de incidentes ocurridos los días 14 y 15 de agosto, un grupo de chicos y chicas, cada uno con su propio poder único, acaba reunido. Los miembros se hacen llamar el "Mekakushi Dan" (La organización de la venda en los ojos). Su objetivo es resolver los misterios tras varios incidentes para descubrir la verdad.

Ryota Sakamoto es un joven desempleado de 22 años de edad que vive con su madre. En el mundo real, puede no haber nada realmente especial acerca de él, pero en línea, es uno de los mejores jugadores del mundo del juego de combate llamado Btooom!. Un día, se despierta en lo que parece ser una isla tropical, aunque él no recuerda nada de cómo o por qué ha llegado a estar allí. Mientras que vaga por ahí, Ryōta ve a alguien y pide ayuda. El extraño responde lanzandole una bomba, en ese momento se da cuenta que su vida está en peligro y que de alguna manera ha quedado atrapado en una versión real de su juego favorito; podrá Ryōta ser capaz de sobrevivir el tiempo suficiente para averiguar cómo y por qué terminó aquí?

En el año 2022, el videojuego virtual de rol multijugador masivo en línea (VRMMORPG) Sword Art Online (SAO) es puesto en venta. Con el Nerve Gear, un casco de realidad virtual que estimula los cinco sentidos del usuario a través de su cerebro, los jugadores pueden experimentar y controlar a sus personajes dentro del juego con sus mentes. Pero un acontecimiento inesperado se produce el 06 de Noviembre de 2022 (primer día de inicio del servidor) cuando Akihiko Kayaba, el creador de SAO, impide a los jugadores hacer log out (cerrar sesión). Akihiko les propone un reto, si quieren ser libres y salir del juego, deben llegar al piso 100 de la torre del juego y derrotar al jefe final. Sin embargo, si sus avatares mueren en el juego, también lo harán sus cuerpos en el mundo real. Kirito, es un "BetaTester" un jugador experto que probá la versión beta del juego, está¡ decidido a llegar al piso 100 y alcanzar la libertad. Ahora tendrá que pasar cada nivel o cada piso sin morir. 

La historia sucede en el año 2036, donde tras un accidente nuclear, el gobierno japonés se verá obligado a trasladar su capital y evacuar Tokio. Sin embargo, a pesar de los esfuerzos, más del 90% de los ciudadanos de Tokio mueren debido a la exposición a la radiación, convirtiéndose en una ciudad fantasma. Dos décadas más tarde, una repentina señal de radio llevará a la implementación de la "Coppelion", una unidad de fuerzas especiales dentro de la Fuerza de Autodefensa. Compuesto por tres chicas de secundaria, Fukusaku Aoi, Naruse Ibara y Nomura Taeko, quienes fueran modificadas genéticamente para resistir a la radiación, serán enviadas a la ciudad para encontrar y rescatar a los sobrevivientes. En medio de una ciudad reclamada por la naturaleza y lleno de nada más que los restos del pasado, las chicas se iniciaran la búsqueda de personas que no deberían existir, a la vez que intentaran desentrañar los misterios de una tierra abandonada hace tiempo por la humanidad.

En un mundo donde la frontera entre el mundo humano y youkai ya no se diferencia(una clase de mundo seductor que está encubierto bajo las sombras donde humanos y monstruos conviven juntos), tres grandes grupos diferentes aspiran por el poder,desatando la lucha por obtener sus objetivos a la aptitud y generando un caos. ¿Qué es la realidad del progreso, el repaso y sincope de negentropía?. Koto, una bishoujo que llega a la tierra derivante de un planeta cercano, la cual sale del confusión de java work, persigue la sombra del "Kuro Usagi (Conejo Negro)". Esta es una historia que rodea a varias personas persiguiendo al Kuro Usagi en Kyoto, donde el paso del tiempo se ha detenido.

La historia de Steins;Gate comienza el 28 de julio de 2010, en Akihabara, con Rintarō Okabe y Shiina Mayuri en dirección al edificio de Radio Kaikan. Dentro del edificio, Rintarō encuentra el cuerpo de Kurisu Makise con un charco de sangre en una habitación. Se va del edificio con Mayuri en estado de pánico y envía un mensaje de texto a Hashida Itaru sobre el incidente, entonces toda la gente alrededor de él de repente se desvanece. Reaparecen momentos más tarde, pero nadie a su alrededor parece haber experimentado el mismo fenómeno que el sintió.

Más tarde Rintarō y Hashida Itaru van al edificio de Radio Kaikan. Rintarō explica lo que ha pasado a Hashida y luego, menciona que recibió un mensaje de texto similar a lo descrito Rintarō hace una semana. En ese momento se dan cuenta de que su horno de microondas puede enviar mensajes de texto al pasado, y nombran a estos mensajes «D-mail» (D メール D meru?). Los personajes más tarde descubren que SERN, una organización que ha estado investigando el viaje en el tiempo desde hace algún tiempo, en realidad ha tenido éxito en el envío de seres humanos en el pasado a pesar de que parece que han dado como resultado la muerte de los sujetos de prueba. Después Kurisu mejora el microondas con la posibilidad de enviar recuerdos en el tiempo, permitiendo una efectiva forma para viajar atrás en el tiempo.

En un mundo donde la frontera entre el mundo humano y youkai ya no se diferencia(una clase de mundo seductor que está encubierto bajo las sombras donde humanos y monstruos conviven juntos), tres grandes grupos diferentes aspiran por el poder,desatando la lucha por obtener sus objetivos a la aptitud y generando un caos. ¿Qué es la realidad del progreso, el repaso y sincope de negentropía?. Koto, una bishoujo que llega a la tierra derivante de un planeta cercano, la cual sale del confusión de java work, persigue la sombra del "Kuro Usagi (Conejo Negro)". Esta es una historia que rodea a varias personas persiguiendo al Kuro Usagi en Kyoto, donde el paso del tiempo se ha detenido.

Diez años han pasado desde El Gran Terremoto de Tokio, un desastre natural que hundió más del 70% de Tokio en el océano. Ganta Igarashi es un estudiante de escuela secundaria de 14 años en la Prefectura Nagano. Ganta es un superviviente del terremoto, pero él no tiene ninguna memoria sobre el desastre y simplemente desea jugar al fútbol y vivir una vida normal. Todo cambió un día cuando un hombre misterioso cubierto en sangre aparece fuera de su ventana del aula. «El Hombre Rojo» mata a los compañeros de clase de Ganta, pero extrañamente lo deja vivir después de incrustar un cristal carmesí en su pecho. La vida de Ganta va de mal en peor cuando él es culpado por los espantosos asesinatos y condenado a muerte en Deadman Wonderland.