Diez años han pasado desde El Gran Terremoto de Tokio, un desastre natural que hundió más del 70% de Tokio en el océano. Ganta Igarashi es un estudiante de escuela secundaria de 14 años en la Prefectura Nagano. Ganta es un superviviente del terremoto, pero él no tiene ninguna memoria sobre el desastre y simplemente desea jugar al fútbol y vivir una vida normal. Todo cambió un día cuando un hombre misterioso cubierto en sangre aparece fuera de su ventana del aula. «El Hombre Rojo» mata a los compañeros de clase de Ganta, pero extrañamente lo deja vivir después de incrustar un cristal carmesí en su pecho. La vida de Ganta va de mal en peor cuando él es culpado por los espantosos asesinatos y condenado a muerte en Deadman Wonderland.