La historia de Toradora! empieza con el protagonista masculino, Ryūji Takasu; quien está frustrado por tratar de verse bien al entrar a segundo año de secundaria. A pesar de su personalidad gentil, sus ojos los hacen parecer un delicuente intimidante, de manera que se siente sin posibilidades de encajar, especialmente entre sus compañeros. Luego de haber sido saludado por su madre con resaca en la mañana; Ryūji va a la escuela y está feliz al encontrarse con quien será su compañero de curso y mejor amigo Kitamura Yūsaku y la chica de la que está enamorado, Minori Kushieda. De todos modos, ahí es cuando inesperadamente choca con "el animal más peligroso y de más alto riesgo de la escuela" -Taiga Aisaka- quien también va a estar en este curso, y es una buena amiga de Minori.

Kokoa llega a un nuevo pueblo en primavera para empezar las clases en el instituto/preparatoria, pero se pierde y acaba entrando en una cafetería llamada "Rabbit House", que resulta que es lugar al que tenía que ir pues será su nueva residencia. Allí las chicas son todas preciosas: la pequeña pero genial Chino, la seria Lize, la amable y japonesa Chiyo, y la sofisticada Sharo. A ellas se unen las compañeras de clase de Chino, Maya y Megu, y un habitual del local, el señor Blue-Mountain Aoyama. Esta serie qla es terriblemente de kawaiis.

Yuuki Hase es un chico de segundo año del bachillerato el cual busca convertirse en amigo de Kaori Fujimiya, una de sus compañeras de clase. Al pedirle su amistad, Kaori la rechaza muy gentilmente, pues ella no puede mantener los recuerdos felices ni los que tengan que ver con personas que le agraden. Pese a esto, Yuuki sigue insistiendo en obtener la amistad de esta chica, aunque tenga que volver a empezar cada lunes, pues en ella ve algo especial.