Un día, el estudiante Akihito Kanbara descubre a una de sus compañeras, Mirai Kuriyama, a punto de cometer suicidio saltando desde la azotea de la escuela. Después de que Akihito intente convencerla, Mirai le apuñala con una espada hecha de su propia sangre, pero se sorprende al comprobar que Akihito no es sino un híbrido de humano y "yōmu", una raza de criaturas sobrenaturales. Tras saber que Mirai es una Guerrera del Mundo Espiritual y la última superviviente de su clan, las vidas de ambos se entrelazan para siempre.

En un mundo donde la frontera entre el mundo humano y youkai ya no se diferencia(una clase de mundo seductor que está encubierto bajo las sombras donde humanos y monstruos conviven juntos), tres grandes grupos diferentes aspiran por el poder,desatando la lucha por obtener sus objetivos a la aptitud y generando un caos. ¿Qué es la realidad del progreso, el repaso y sincope de negentropía?. Koto, una bishoujo que llega a la tierra derivante de un planeta cercano, la cual sale del confusión de java work, persigue la sombra del "Kuro Usagi (Conejo Negro)". Esta es una historia que rodea a varias personas persiguiendo al Kuro Usagi en Kyoto, donde el paso del tiempo se ha detenido.

Se centra alrededor de la Orden de Caballeros Protestantes Reales, que son los últimos miembros descendientes de Abraham Van Hellsing. Su misión es la de proteger a la reina y las fronteras del país de toda amenaza sobrenatural. La organización está liderada por Sir Integra Fairbrook Wingates Hellsing, que heredó su responsabilidad como directora después de la muerte de su padre, cuando tenía 12 años. Bajo su mandato están Walter C. Dornez, y Alucard, un poderoso vampiro que fue capturado por la familia hace cien años. Más tarde se une también la ex-policía Seras Victoria, que tras ser mordida por Alucard se convierte en soldado de Hellsing.

Después de un ataque sobre la oficina central de Hellsing por parte de los hermanos Valentine, donde las tropas son totalmente masacradas, Sir Integra contrata al grupo de mercenarios Wild Geese para sustituir a los hombres perdidos en la batalla. El líder del grupo es el capitán Pip Bernadotte, un francés mujeriego. Durante la serie los personajes cometen todo tipo de atrocidades, como violación, mutilación, tortura o canibalismo.