La historia sucede en el año 2036, donde tras un accidente nuclear, el gobierno japonés se verá obligado a trasladar su capital y evacuar Tokio. Sin embargo, a pesar de los esfuerzos, más del 90% de los ciudadanos de Tokio mueren debido a la exposición a la radiación, convirtiéndose en una ciudad fantasma. Dos décadas más tarde, una repentina señal de radio llevará a la implementación de la "Coppelion", una unidad de fuerzas especiales dentro de la Fuerza de Autodefensa. Compuesto por tres chicas de secundaria, Fukusaku Aoi, Naruse Ibara y Nomura Taeko, quienes fueran modificadas genéticamente para resistir a la radiación, serán enviadas a la ciudad para encontrar y rescatar a los sobrevivientes. En medio de una ciudad reclamada por la naturaleza y lleno de nada más que los restos del pasado, las chicas se iniciaran la búsqueda de personas que no deberían existir, a la vez que intentaran desentrañar los misterios de una tierra abandonada hace tiempo por la humanidad.

En un mundo donde la frontera entre el mundo humano y youkai ya no se diferencia(una clase de mundo seductor que está encubierto bajo las sombras donde humanos y monstruos conviven juntos), tres grandes grupos diferentes aspiran por el poder,desatando la lucha por obtener sus objetivos a la aptitud y generando un caos. ¿Qué es la realidad del progreso, el repaso y sincope de negentropía?. Koto, una bishoujo que llega a la tierra derivante de un planeta cercano, la cual sale del confusión de java work, persigue la sombra del "Kuro Usagi (Conejo Negro)". Esta es una historia que rodea a varias personas persiguiendo al Kuro Usagi en Kyoto, donde el paso del tiempo se ha detenido.