Ryota Sakamoto es un joven desempleado de 22 años de edad que vive con su madre. En el mundo real, puede no haber nada realmente especial acerca de él, pero en línea, es uno de los mejores jugadores del mundo del juego de combate llamado Btooom!. Un día, se despierta en lo que parece ser una isla tropical, aunque él no recuerda nada de cómo o por qué ha llegado a estar allí. Mientras que vaga por ahí, Ryōta ve a alguien y pide ayuda. El extraño responde lanzandole una bomba, en ese momento se da cuenta que su vida está en peligro y que de alguna manera ha quedado atrapado en una versión real de su juego favorito; podrá Ryōta ser capaz de sobrevivir el tiempo suficiente para averiguar cómo y por qué terminó aquí?

Ryūko Matoi es una chica que viaja con la mitad de una gran tijera roja, buscando al manipulador de la otra mitad, quien ha asesinado a su padre. El destino la lleva a la Academia Honnōji, una escuela secundaria que vive bajo un régimen de terror, bajo el mando del temible concilio estudiantil, liderado por el presidente estudiantil, Satsuki Kiryūin, quien usa poderosos uniformes para aplastar al que se cruce en su camino. Luego de sufrir una lamentable derrota a manos de Satsuki, Ryūko se encuentra un uniforme escolar poseído llamado Senketsu, el cual se coloca en Ryūko, dándole habilidades especiales. Junto a Senketsu, Ryūko se yergue ante Satsuki y el concilio estudiantil para liberar a la Academia Honnōji de la argolla de hierro que la domina y encontrar la verdad detrás del asesinato de su padre.

Staz es el vampiro jefe de una sección del mundo demoníaco, aunque la sangre humana no le interesa lo más mínimo. A él lo que le gusta es la cultura japonesa, y cuando una adolescente japonesa llamada Yanagi Fuyumi acaba en la ciudad demoníaca, decide no perder la ocasión de conocerla y aprender más del país que tanto le apasiona. Sin embargo, de camino a encontrarse con la muchacha se encuentra con problemas y otro monstruo acaba con la vida de Fuyumi, quedando la muchacha convertida en un fantasma errante. Staz se caga en su maldita suerte y decide encontrar una forma de devolverla a la vida.

En el año 2022, el videojuego virtual de rol multijugador masivo en línea (VRMMORPG) Sword Art Online (SAO) es puesto en venta. Con el Nerve Gear, un casco de realidad virtual que estimula los cinco sentidos del usuario a través de su cerebro, los jugadores pueden experimentar y controlar a sus personajes dentro del juego con sus mentes. Pero un acontecimiento inesperado se produce el 06 de Noviembre de 2022 (primer día de inicio del servidor) cuando Akihiko Kayaba, el creador de SAO, impide a los jugadores hacer log out (cerrar sesión). Akihiko les propone un reto, si quieren ser libres y salir del juego, deben llegar al piso 100 de la torre del juego y derrotar al jefe final. Sin embargo, si sus avatares mueren en el juego, también lo harán sus cuerpos en el mundo real. Kirito, es un "BetaTester" un jugador experto que probá la versión beta del juego, está¡ decidido a llegar al piso 100 y alcanzar la libertad. Ahora tendrá que pasar cada nivel o cada piso sin morir.