Ryūko Matoi es una chica que viaja con la mitad de una gran tijera roja, buscando al manipulador de la otra mitad, quien ha asesinado a su padre. El destino la lleva a la Academia Honnōji, una escuela secundaria que vive bajo un régimen de terror, bajo el mando del temible concilio estudiantil, liderado por el presidente estudiantil, Satsuki Kiryūin, quien usa poderosos uniformes para aplastar al que se cruce en su camino. Luego de sufrir una lamentable derrota a manos de Satsuki, Ryūko se encuentra un uniforme escolar poseído llamado Senketsu, el cual se coloca en Ryūko, dándole habilidades especiales. Junto a Senketsu, Ryūko se yergue ante Satsuki y el concilio estudiantil para liberar a la Academia Honnōji de la argolla de hierro que la domina y encontrar la verdad detrás del asesinato de su padre.